رأى العلامة السيد علي فضل الله أن استهداف العلامة الشيخ محمد سعيد رمضان البوطي والمصلين في المسجد يمثل وحشية بكل المقاييس، مستغرباً تحويل المسجد إلى ساحة من ساحات تصفية الحسابات السياسية واستهداف المؤمنين المصلين فيه، مؤكداً بأن الاختلاف السياسي الحاد لا يبرر وصول الأمور إلى ما وصلت إليه والتفلت من القيم الإسلامية في كل ما يتصل بحرمة الدماء وحرمة المواقع العبادية.

واشار السيد فضل الله الى انه "في طريقة استهداف هذا العالم الجليل، في قلب المسجد، وفي المحراب، إلى جانب المصلين والمؤمنين الذين تحلّقوا حوله، ونهلوا من دروسه، عملية وحشية بكل المقاييس، وعدواناً على القيم الإسلامية، وعلى المسجد الذي جعل الإسلام له حصانة، وأراده أن يكون منطلقاً لمعراج الأرواح المؤمنة إلى الباري عز وجل، فيما انطلقت الأيادي الآثمة لجعله موقعاً من مواقع العنف الدامي، وساحة من ساحات تصفية الحسابات السياسية والأمنية".

واذ دان "هذا العمل الوحشي وهذا العدوان على الرمز الإسلامي وعلى المصلين والمسجد"، استغرب "كيف وصلت الأمور إلى ما وصلت إليه من تجاوز لأبسط القواعد الإسلامية في الاعتداء على حرمة الرمز وحرمة المسجد والصلاة، فنحن في الوقت الذي قد نتفّهم فيه الاختلاف السياسي الحاد، والتناقض الكبير في وجهات النظر حيال ما يجري في سوريا، إلا أننا لا نفهم كيف تصل المسألة إلى هذا المستوى من التلفت من الثوابت الإسلامية الأساسية في كل ما يتصل بحرمة الدماء وحرمة المواقع العبادية".

ودعا "علماء المسلمين كافة لقول كلمتهم وإعلان الموقف الإسلامي الشرعي الحاسم في حرمة هذه الأعمال، وفي ضرورة العمل لوضع حد لها، رأفة بسوريا وشعبها، وبفلسطين وبالأمة وقضاياها".