اشار أمين عام المجلس الوطني للبحوث العلمية معين حمزة الى ان بحيرة القرعون هي البركة التي يتجمع فيها التلوث الشمالي من الليطاني، والوضع مأساوي، وهناك 4 مصادر للتلوث، وهناك مصدرين يمكن معالجتهما الصرف الصحي والنفايات الصلبة، ولا حل للصرف الصحي الا محطات التكرير، والمشكلة الثالثة هي مبيدات الاعشاب لاتي تنزل الى المياه الجوفية ومجرى نهر الليطاني، والمشكلة الرابعة هي المصانع، الا ان نسبة المصانع التي تملك معامل تكرير قليلة جدا.
واوضح ان هناك حوالي 6 امتار رسوبيات في بحيرة القرعون نتيجة تلوث الجزء الشمالي من الليطاني.