دانت وزارة الخارجية المصرية "الإعلان عن توقيع أنقرة مع رئيس حكومة الوفاق الليبية فايز السراج على مذكرتي تفاهم في مجال التعاون الأمني، وفي مجال المناطق البحرية"، مشيرةً إلى أن مثل هذه المذكرات معدومة الأثر القانوني، إذ لا يمكن الاعتراف بها على ضوء أن المادة الثامنة من اتفاق "الصخيرات" السياسي بشأن ليبيا، الذي ارتضاه الليبيون، تحدد الاختصاصات المخولة لمجلس رئاسة الوزراء، حيث تنص صراحة على أن مجلس رئاسة الوزراء ككل – وليس رئيس المجلس منفردا – يملك صلاحية عقد اتفاقات دولية".
وفي بيان لها، لفتت الخارجية المصرية إلى أنه "في كل الأحوال، فإن توقيع مذكرتي تفاهم في مجالي التعاون الأمني والمناطق البحرية وفقا لما تم إعلانه هو غير شرعي ومن ثم لا يلزم ولا يؤثر على مصالح وحقوق أية أطراف ثالثة، ولا يترتب عليه أي تأثير على حقوق الدول المشاطئة للبحر المتوسط، ولا أثر له على منظومة تعيين الحدود البحرية في منطقة شرق المتوسط"، مشيرةً إلى أن "مصر تحث المجتمع الدولي على الاضطلاع بمسؤولياته لمواجهة هذا النهج السلبي الذي يأتي في توقيت دقيق للغاية، تتواصل فيه الجهود الدولية بالتنسيق والتعاون مع الأشقاء الليبيين في إطار مسار برلين للتوصل لاتفاق شامل وقابل للتنفيذ يقوم على معالجة كافة جوانب الأزمة الليبية، بما يحافظ على وحدة ليبيا وسلامتها الإقليمية، ويساعد على استعادة دور مؤسسات الدولة الوطنية بها، ويساهم في محاربة الإرهاب والتنظيمات المتطرفة واستعادة الأمن وتعبر مصر عن مخاوفها من تأثر عملية برلين السياسية جراء هذه التطورات السلبية".