استنكر نائب رئيس المجلس الإسلامي الشيعي الاعلى الشيخ علي الخطيب "جريمة اغتيال رئيس المكتب السياسي لحركة المقاومة الاسلامية حماس إسماعيل هنية في عمل إرهابي موصوف يتحمل قادة الكيان الصهيوني تبعاته التي سترتد وبالا على كيانه المهدد بالزوال".
وأكد الخطيب ان "دماء الشهيد هنية وأخوانه الشهداء لن تذهب هدرا فهي تروي ارض فلسطين وتعبد طريق النصر والتحرير وتصنع مجد الامة وعزتها، وجريمة الاغتيال لن تثني من عزيمة رجال المقاومة في تحرير الارض المحتلة وانقاذ المقدسات .
وأكد الخطيب ان اغتيال الشهيد هنية خسارة كبيرة للأمة وقوى المقاومة فيها لما عرفناه من مناقب قيادية أتسمت بها شخصيته ومواقف جريئة حفلت بها سيرته الجهادية.
واعتبر المفتي الجعفري الممتاز الشيخ أحمد قبلان أنه "لا شك أنّ اغتيال المقاوم الكبير الرئيس اسماعيل هنيّة في طهران ليس تفصيلاً أبداً، وطبيعة الحرب باتت بمسار آخر، والآن الجبهات كلها تغلي، وواشنطن شريكة تل أبيب بطبيعة هذه الحرب التي تضع المنطقة كلها بقلب زلزال له ما بعده، وستندم إسرائيل على مغامرتها المجنونة، واليوم رقعة الحرب والمهام تختلف بشدة، فيما جبهات المنطقة كلها باتت برميل بارود".
من جهته، دان النائب عبد الرحمن البزري إغتيال هنية متوجها بالتعزية والتبريكات للشعب الفلسطيني وللأخوة في حركة حماس، معتبرا أن هذه العملية الغادرة لن تعيق المقاومة بل ستزيدها زخما وحماسا لأن الشعب الفلسطيني قد اتخذ قراره التاريخي بالتحرير واسترداد حقوقه السياسية ومواجهة عدوه.
ودان البزري الإعتداء على الضاحية الجنوبية مما أدى إلى سقوط شهداء من المدنيين، معتبرا أنها مؤشر لغياب أي خطوط حمراء أو قواعد إشتباك لدى العدو الإسرائيلي ومؤكدا أن هذا الإعتداء في عمق لبنان هو إعتداء على لبنان وعلى شعبه وعلى مقاومته.
كما أصدرت حركة الناصريين المستقلين المرابطون البيان التالي "تزف حركة الناصريين المستقلين المرابطون إلى الأمة الإسلامية والعربية، وإلى أهلنا على أرض فلسطين المباركة، وفي مخيمات الشتات، والى كل احرار العالم الأخ القائد المجاهد الشهيد اسماعيل هنية، مؤكدين أن دمه الطاهر ينضم إلى شلال دم شعب الجبارين أهلنا الفلسطينيين، والثائرين على طريق القدس، ليكون ناراً على المجرمين اليهود، ونوراً لكل المناضلين والمجاهدين والفدائيين، من أجل تحرير فلسطين كل فلسطين من جليلها الى نقبها، ومن بحرها إلى نهرها، والقدس عاصمة السماء على الأرض.
وتابعت :"ونحن المرابطون نتقدم بالمباركة للأخوة في حماس وكتائب القسام، ونعاهد أهلنا المجاهدين المقاومين الفدائيين باننا معهم على يقين تام بوعد الله باننا سنعود جميعاً لنصلي في المسجد الأقصى، وكنيسة القيامة، وإنه لجهاد نصر أو استشهاد".