دانت القيادة المشتركة للجيش السوري الحر في بيان "بأشد العبارات الاعتداء الإرهابي والإجرامي الذي وقع اليوم على مسجد الإيمان بالعاصمة السورية دمشق وأدى إلى مصرع وجرح العديد من المواطنين الأبرياء العزل وأسفر أيضا عن مقتل الشيخ محمد سعيد رمضان البوطي"، مؤكدة ان "مثل هذه الأعمال والسلوكيات لا تمت بأي صلة لأخلاق ومبادئ وأهداف الثورة السورية والجيش السوري الحر".
وحذرت من ان "هذه الأعمال الإرهابية والإجرامية هي بداية لمرحلة خطيرة للغاية لخلط الأوراق تخوضها قوى إقليمية لطالما استعملت ورقة الإرهاب لتحقيق غايات سياسية ومحاولات رخيصة لتبرير دخول مقاتلين من دول الجوار والإقليم بحجة حماية بعض المقامات والمزارات".