أشار رئيس المكتب التنفيذي في إتحاد علماء بلاد الشام الشيخ حسان عبد الله إلى اننا "في الإتحاد، عرفنا منذ اللحظة الأولى لتأسيس الإتحاد إن هذا العمل سيوجه ضربة قاسية للمشروع الأميركي- الإسرائيلي الذي يعتمد على إثارة الفتن في الدول المحيطة بفلسطين"، لافتاً إلى ان "قتل رئيس إتحاد علماء بلاد الشام الشيخ محمد سعيد البوطي هو تعبير واضح عن الأذى الذي ألحقه بهم وبنهجهم التكفيري وأن فكره المنير ومنطقه السليم وحجته البالغة لم يستطيعوا أن يقارعوه فأرادوا إسكاته بقتله، ولكنهم قتلوا الجسد ولكن الفكر والمنطق سيستمر من خلال تلامذته وعقله وفكره المنير وسيتحول دمه الطاهر لعنة عليهم تلاحقهم إلى يوم الحساب".
وفي بيان له، أكد الشيخ عبدالله اننا "سنبقى على نفس الدرب ونسلك نفس النهج وسننتخب قريباً من يخلفه ليكون خير خلف لخير سلف".
