لفت المستشار الأعلى للمرشد الأعلى للثورة الإيرانية علي خامنئي، الشيخ محمد علي التسخيري، الى ان "عناصر جاهلة وحاقدة استخدمت على قتل رئيس اتحاد علماء بلاد الشام الشيخ محمد سعيد البوطي، هذا العالم الجليل والمفكر الكبير والداعية المخلص"، متسائلا "ماذا ستجني هذه الجمعات الارهابية من هذا العمل الشنيع؟، وهل ستقتل فكره؟، و هل تستطيع ان تقضي على عطائه التربوي، وهل ستقضي على مواقفه الرافضة للهجمة العالمية على سوريا؟".
وخلال مراسم تشييع الشيخ البوطي في الجامع الاموي، تقدم التسخيري باسم علماء التقليد وباسم ايران بالتعازي لسوريا قيادة وشعبا وكل العالم الاسلامي بهذه الحادثة الاليمة".